La scuola disponeva dell'orto botanico più antico d'Europa, i Giardini della Minerva, alle pendici del colle Bonadies. L'orto fu costruito e curato dall'illustre maestro della scuola Matteo Silvatico (XIII-XIV sec.), autore del Liber cibalis et medicinalis Pandectarum, preziosa raccolta di informazioni sui semplici, cioè sulle piante che venivano utilizzate per la produzione di medicamenti. Nei Giardini della Minerva vennero, per la prima volta, coltivate e classificate una grande quantità di piante ed erbe, per studiarne a scopo scientifico le proprietà terapeutiche e medicamentose. Il sito è dotato di un particolare microclima, favorito dalla scarsa incidenza dei venti di tramontana e dalla favorevole esposizione, che ancora oggi permette la coltivazione o addirittura la propagazione spontanea di specie vegetali esigenti in fatto di umidità e calore. Qui veniva svolta una vera e propria attività didattica per mostrare agli allievi della Scuola Medica le piante con il loro nome e le loro caratteristiche. Documenti storici confermano che questo giardino fu il primo Orto botanico d'Europa per la coltivazione e raccolta dei "semplici", i vegetali a scopo terapeutico. La particolare tipologia di disegno e uso della vegetazione è stata poi ripresa anche nei successivi orti botanici di Padova, Pisa, Firenze, Pavia e Bologna.Determinante per lo studio dei semplici fu il De medicinis simplicibus, attribuito a Matteo Plateario, dove vengono esposte le erbe a scopo terapeutico.

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